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Aufgabe des politischen Referats ist die Pflege der bilateralen Beziehungen auf politischer Ebene zum Gastland.
Aufgabe des Wirtschaftsreferats ist die Förderung der deutsch-ägyptischen Wirtschaftsbeziehungen.
Das Referat für Rechts- und Konsularwesen (RK) ist verantwortlich für Visaangelegenheiten.
Das Kulturreferat befasst sich mit den deutsch-ägyptischen Kulturbeziehungen.
Das Wissenschaftsreferat ist Ansprechpartner für die deutsch-ägyptischen Wissenschaftsbeziehungen.
Das Pressereferat der Botschaft informiert die ägyptischen Medien und die Öffentlichkeit über Aspekte der deutschen Politik und über Fragen zu Deutschland im allgemeinen.
Das Regionale Deutschlandzentrum Kairo (RDZ) ist Deutschlands Public-Diplomacy-Zentrum für den arabischen Raum mit Sitz an der Deutschen Botschaft Kairo.
Der Militärattachéstab ist die Schnittstelle zwischen dem Bundesministerium der Verteidigung und dem ägyptischen Verteidigungsministerium.
Das Referat für wirtschaftliche Zusammenarbeit und Entwicklung koordiniert die deutsch-ägyptische Zusammenarbeit für nachhaltige Entwicklung.